Чтобы ответить на этот вопрос: «Почему болят мышцы после тренировок?» – повторю слова Селуянова В.Н.с его лекции.

Когда выполняются упражнения , возникают большие механические нагрузки и миофибриллы (из них состоят мышечные волокна) под напряжением подвергаются разрывному воздействию, а тем более, все миофибриллы разной длинны и те, что короче рвутся.
Также, при сильном закислении, которое возникает при длительных анаэробных нагрузках (минута и больше), например, суперсет приседания + разгибания ног, 12+12 соответственно, мышцы могут разрушаться под воздействием ионов водорода, а точнее миофибриллы.